Durante la temporada 1942-43, se incrementa notablemente el número de aficionados, y el Albacete Balompié se convierte en el equipo más goleador de la Primera División Regional, motivos que impulsarán la creación, en 1942, del Trofeo Ciudad de Albacete, en cuya primera edición se enfrentarán el Albacete Balompié contra la Selección de Fútbol de Murcia, replicas camisetas futbol logrando el triunfo para el club albaceteño. En 1920 se crearía otro equipo importante en la ciudad, el Club Deportivo Nacional, promovido por Antonio Tabernero y Rafael Cantos ‘Camoto’. No obstante, la difícil situación económica por la que pasa el club pasará factura a la plantilla, que no reunirá la calidad necesaria para mantener la categoría, lo cual provocará el descenso nuevamente a la Tercera División. En marzo de 2013, Aurelio Milla dimite como presidente, por razones personales relacionadas con sus empresas, y asume el cargo de Presidente de la entidad el hasta entonces vicepresidente, Agustín Lázaro, quien sería el encargado de negociar y gestionar la precaria situación del club. Ante la precaria situación económica, Antonio Lozano abandona la presidencia del club el 10 de julio de 1943, accediendo a la misma Luís Bufort Climent (que dimitiría un año más tarde), el cual crea la figura del socio protector como medio de fomento del equipo y mejora de tesorería de la entidad.
Sin duda alguna la gran figura del partido fue Pelé ya que marcó 2 goles en aquella final y fue el máximo artillero de su selección con 6 goles. Posteriormente caería eliminado en Cuartos de final contra el Athletic de Bilbao. Al término de la temporada se jugó un partido de veteranos conmemorativo del centenario del club contra un equipo veterano del Athletic Club. Aunque el juego del equipo estaba aún por madurar, el nuevo y reconstruido Athletic volvió a reivindicarse en el fútbol español proclamándose campeón de liga y copa en la temporada 1942/43. Gracias al nuevo doblete, el club pudo querdarse con el trofeo de Liga en propiedad, al ser la quinta vez que lo ganaban. El campeón de la División 1 ganó un cupo para la Copa de la UEFA de fútbol sala. Será en la temporada 1981-82 cuando se consiga el ansiado ascenso tras ser campeón de su grupo en Tercera División y ganar en los dos encuentros de la fase de ascenso a Segunda División B, categoría recién creada en esa temporada. Tras cosechar unos excelentes resultados en las temporadas siguientes, será en la campaña 1984-85 cuando, de la mano de Julián Rubio, entrenador de la tierra, cuando se consiga el subcampeonato de la categoría y el triunfo como campeón en la Copa de la Liga de Segunda División B dentro del Grupo II (triunfo que también consiguió en la temporada anterior).
En la Copa del Rey de dicha temporada dio una de las grandes sorpresas, llegando a los octavos de final tras eliminar al Atlético de Madrid después de vencer 2-1 en casa y dar la campanada ganando 0-1 en el Vicente Calderón, hecho que provocaría la llegada al banquillo colchonero de Diego Pablo Simeone. Moré siguió en el banquillo hasta la conclusión de la temporada 2002-03, y para afrontar la siguiente campaña se contrató a Fernando Vázquez. En la temporada 2009-10 el equipo logra la permanencia en el último encuentro, aunque su jugador Christian Stuani lograra el segundo puesto en la clasificación de goleadores con 22 tantos, los tres cambios en el banquillo local marcarán la temporada y la crisis deportiva (fueron entrenadores del Albacete Balompié: José Murcia, Julián Rubio y David Vidal). Entre los jugadores de la plantilla que consiguen este puesto destacan, además de los que cosecharon el ascenso, el portero Manuel Almunia, el albaceteño Pablo Ibáñez, Carlos Aranda, Gustavo Siviero o Antonio Pacheco, una plantilla formada por 29 jugadores de cuatro nacionalidades diferentes.
Tras el éxito cosechado, el entrenador asturiano Benito Floro dirigirá una plantilla mítica en la historia del club, que de la mano del jugador albaceteño «Catali», Zalazar o Coco (entre otros) lograrán el ascenso a la Primera División en la temporada 1990-91, una categoría nunca alcanzada con anterioridad. En la campaña 1980-81, el Albacete Balompié logra hacerse con la tercera plaza de su grupo al finalizar la fase regular, aunque en la promoción de ascenso no consigue hacerse con la victoria. En la campaña 2012-13, el club será encuadrado en el Grupo IV, y logrará la tercera plaza del grupo, lo cual le permitirá acceder a la promoción a Segunda División. Finalmente y tras el sorteo entre los campeones de grupo para celebrar los play-off por el ascenso a Segunda División, el club castellano-manchego fue emparejado con el equipo vasco del Sestao River. Finalmente, y tras una temporada muy trabajada en la temporada 2002-03, el Albacete Balompié logra hacerse con la tercera plaza de la categoría (71 puntos conseguidos en 17 partidos ganados, 20 empates y solo 5 derrotas) y consigue automáticamente el ascenso a la Primera División de la mano del técnico valenciano César Ferrando. El último encuentro de la temporada fue el que disputó el Albacete Balompié contra el Racing de Santander en la eliminatoria por el campeonato de Segunda División «B», tras haber superado las eliminatorias de los cuatro campeones de grupo de la categoría.