Por Rosario El ingeniero Raúl Alquier, presidente del Club Atlético Cerro en aquel entonces, tuvo un rol preponderante en la pelea de los clubes de la Liga Amateur frente a los privilegios de la Primera Profesional en la Asociación Uruguaya de Fútbol. Era, pues, muy fácil para un conjunto profesional desmantelar el plantel de uno amateur. En abril de ese año surgió en el seno de la AUF la Liga Profesional de Football -compuesta exclusivamente por 10 clubes-, una liga paralela e independiente a la Liga Amateur y sin ninguna relación con ella. Su pasaje por segunda división fue fugaz, duró solamente ese 1998, donde se coronó campeón de Apertura y Clausura y retornó a la primera división. Cerro es campeón de la División Extra de la FUF en el primer campeonato que disputa, ascendiendo a la División Intermedia de dicha Federación. De esta manera, en dos grandes saltos Cerro se ganaba el derecho a participar en la Primera División de la Federación Uruguaya de Football. Y el 18 de abril de 1923 se inscribe en la Federación Uruguaya de Football. Así, Cerro comenzó su camino dentro de la Asociación Uruguaya de Fútbol. Cerro es campeón de la Intermedia en 1941 y, como adelantó, no disputa la promoción.
El día 19 de junio de 1936 se aprueban las peticiones presentadas por los clubes de la Liga Amateur, pero admitiendo una variante fundamental: el campeón de Intermedia debía enfrentarse en dos partidos con el clasificado último en la Liga Profesional para lograr el ascenso. Los clubes de la Primera División Profesional no estaban dispuestos a dejar tan fácilmente de participar en dicha categoría, por más deficiente que fuera su desempeño. Fue fundado el 1 de diciembre de 1922 y juega en la Primera División de Uruguay, disputando actualmente su temporada n.º 96 por torneos de AUF. Aquella calurosa tarde de diciembre en un Estadio Centenario lleno, apenas comenzada la final, Néstor Gonçalves -número 5 de Peñarol- fue a cometerle una alevosa falta a Miguel de Brito, número 10 y estrella del club de la Villa, causándole luxación de clavícula y dejándolo fuera del partido, aunque en cancha (en aquel entonces los jugadores no podían ser sustituidos). Fue el 1 de diciembre de 1922, que ya madurada la idea en las charlas previas del café El Americano y en la farmacia de don Ángel Constantini, en una asamblea realizada en el viejo Café Panizza -ubicado en la esquina de las calles Grecia y China- se constituía como entidad el Club Atlético Cerro.
Una vez producido el «cisma», se buscó en todos los barrios de Montevideo clubes que fueran a sumarse a la nueva federación; es allí cuando, a instancias de unos jóvenes emprendedores de la Villa del Cerro como: Lorenzo Mendilaharzu (fue quien tuvo la iniciativa, el principal impulsor para la fundación de la Institución, y por lo cual se lo nombró primer socio honorario), Jesús Mendilaharzu, Julio y Miguel Martínez Ainzuain, Santiago Zignago, Alfonso Posse, Ángel y Enrique Constantini, Pedro Minhondo, Ezequiel Domínguez, el Dr. Martin Ignacio Harretche y otros tantos que brindaron su impulso y entusiasmo a la iniciativa, se fundó el Club Atlético Cerro. El inicio del 2015 no fue el más esperado, Atlético Nacional volvió a perder la final de la Superliga, esta vez contra Independiente Santa Fe. La primera rueda del campeonato terminó a un punto de Peñarol, persiguiéndolo de cerca toda la segunda parte del año, hasta que en la penúltima jornada logró alcanzar la cima; cuando, al tiempo que derrotaba a Racing en el Parque Central, los aurinegros no pasaron del empate ante Nacional. Si la bola golpea un poste lateral se considera que ha salido del campo, por lo que no se otorga ningún punto.
En 1925, cuando se habían comenzado a disputar los campeonatos tanto en la FUF como en la AUF, estos se ven interrumpidos al producirse la intervención del Gobierno Nacional (conocida como «Laudo Serrato») que declara su fusión, estableciendo un único organismo rector del fútbol uruguayo a partir de ese momento (la AUF). Cerro a comienzos del año 1941, adelantó lo siguiente: en caso de campeonar ese año en la Intermedia, no jugaría el repechaje. El equipo del grito gemelo ostenta el honor de ser el primer club en desarrollo que culminó en primer puesto en el Campeonato Uruguayo (1960) durante la era profesional, disputando una final de desempate por el título de campeón ante el Peñarol que había sido campeón de América ese mismo año. En 1940 Cerro es campeón de la divisional Intermedia, camiseta de fútbol pero pierde el repechaje contra Bella Vista (clasificado último de la primera categoría). En 1924 también logra campeonar en la División Intermedia, ganando la serie en la que le tocó competir, esta vez de forma invicta (13 victorias y un empate). Es, además, uno de los técnicos con mejor porcentaje de victorias en la historia del club y uno de los más valorados y queridos por la afición valencianista al haber ayudado siempre al equipo en los momentos difíciles, aportando dosis de sensatez y valencianismo.