Durante esos años también se pusieron los cimientos de la escuela de fútbol base, cuyo crecimiento sería constante año tras año. Durante 2014, se incorporaron a 15 080 socios nuevos, lo que significaría un 30 por ciento de aumento, siendo el crecimiento más alto en la historia de la institución. Como en veranos anteriores, las únicas incorporaciones vinieron de jugadores del filial, en este caso, Gaizka Larrazabal -hijo del exfutbolista Aitor Larrazabal- y Asier Villalibre, máximo goleador de Segunda B. También hubo otros jugadores que alternaron el primer equipo con el filial, caso de Oihan Sancet y Dani Vivian. Tras 14 jornadas de Liga celebradas, la junta gestora -que dirigía temporalmente el club con motivo de las elecciones a la presidencia- decidió cesar a Berizzo debido a los malos resultados, pues el equipo se encontraba en puestos de descenso con tan solo once puntos y una victoria. El equipo presenta una mejor fortuna de cara a puerta y una mentalidad diferente a la observada en campañas anteriores, rescatando así puntos en los últimos minutos en diferentes jornadas: Álex Berenguer anota el 2-2 frente al Valencia C. F. y el 4-3 frente al Celta de Vigo en San Mamés, y Unai Gómez da la victoria con un cabezazo en el último minuto frente a la U. D. Las Palmas.
El lunes 16 de diciembre de 2013, a partir de las 12:00 horas, los trabajadores de Intereconomía impusieron una huelga debido a impagos en su nómina desde inicios de 2012, la cual duró hasta el día 26. Durante esta huelga, debido a los desacuerdos, se causó una ruptura interna en televisión. A pesar de ello, la junta directiva se mostró firme y siguió apostando por él hasta que, tras una derrota ante la Real Sociedad en San Mamés a finales de diciembre, el presidente Aitor Elizegi cesó al entrenador y puso en su lugar a Marcelino García Toral. Pese a tener ventaja sobre sus perseguidores (Girona, C. A. Osasuna y Rayo Vallecano) la derrota ante un descendido Elche en San Mamés en lo minutos finales de la jornada 37 dejaba al club bilbaíno en una situación donde solo le valía ganar en el Santiago Bernabéu en la jornada final de liga y esperar que el choque entre C. A. Osasuna y Girona F. C. se saldase con empate para así poder acceder a la UEFA Conference League. «Un estudio afirma que el primer presidente del Athletic Club de Bilbao era de Moguer».
Numerosos futbolistas vascos firmaron un comunicado anunciando que no acudirían a la convocatoria si no era para jugar bajo el nombre «Euskal Herria». En la final le tocó medirse a la Real Sociedad: era la primera vez en la historia que ambos conjuntos se enfrentaban en una final de Copa, título que no habían conquistado desde los años 1980, y también la primera final entre clubes vascos desde que en 1927 la disputaran el Real Unión y el Arenas de Getxo. Con el cambio de técnico el equipo mejoró notablemente y el 17 de enero de 2021 conquistó su tercera Supercopa de España; los rojiblancos eliminaron al Real Madrid (2-1) en la semifinal y después se enfrentaron al F. C. Barcelona en final, en un partido que se decidió en la prórroga con un gol de Iñaki Williams que puso el 3-2 en el marcador a favor del Athletic. La final la jugó contra el F. C. Barcelona por tercera vez y de nuevo volvió a salir derrotado, en este caso por 1-3; Iñaki Williams marcó el gol de la honra para los bilbaínos. Sí consiguió buenos resultados en la Copa, donde accedió a su 38.ª final del torneo tras eliminar al F. C. Barcelona en cuartos de final -con un ajustado remate de cabeza de Iñaki Williams en el último minuto- y al Granada C. F. en semifinales -gracias a un gol decisivo de Yuri-.
El rendimiento del equipo mejoró en las próximas jornadas y gracias a los goles de delantera titular formada por Iñaki Williams, Nico Williams, Oihan Sancet y Gorka Guruzeta y a las aportaciones de jóvenes cachorros como Unai Gómez o Beñat Prados el equipo se asienta en las posiciones europeas en la primera mitad de temporada. Al mismo tiempo, las reestructuraciones que la UEFA fue adoptando en la Liga de Campeones en favor de algunas demandas de los grandes clubes paralizó en medida la creación de la nueva competición. Pese a la controversia existente entre los expertos en relación con la fecha del centenario, el 14 de noviembre de 2009 se disputó un partido amistoso conmemorativo entre España y Argentina en el Estadio Vicente Calderón, con victoria local por 2-1, en el que se desplegó un mosaico con los colores rojigualdas durante la interpretación del himno nacional. Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Fútbol en España. Por último, en Liga consiguieron la quinta plaza que le daba acceso a la fase de grupos de la Europa League 2016-17. En la última temporada de Valverde, el equipo estuvo titubeante tanto en Liga como en Europa (eliminado por el APOEL), sin embargo, en la Copa del Rey los leones volvieron a caer eliminados, en octavos de final, frente al F. C. Barcelona dando una buena imagen.
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