Por Rosario En la temporada 1998/1999, se dio el gran paso al competir en la liga de la Federación de Fútbol Madrileña, camiseta de futbol con el Alevín de Fútbol 7. El resultado no pudo ser mejor; el C.D. Esta nueva sección nace con el principal objetivo de cuidar la base de este deporte en Tres Cantos, y con los equipos de base como pilar llegar a ser un referente balonmanístico en la Comunidad de Madrid. Islas Tres Cantos, abandonando definitivamente la modalidad de Fútbol Sala en categorías superiores, y centrando su trabajo en el fútbol base en categorías Prebenjamín, Benjamín, Alevín e Infantil. En la temporada 2005/2006 se constituye en Escuela Municipal en las categorías de Prebenjamín, Benjamín y Alevín y se crea el primer equipo de Fútbol 11 en categoría Alevín, que compite en la liga de la Federación de Fútbol Madrileña. En 2015 se aprobó en las Cortes, el Real Decreto-Ley 5/2015, que establece un sistema de comercialización conjunta de los derechos audiovisuales del fútbol profesional, que persigue un reparto más equitativo entre los clubes y evitar conflictos entre operadores televisivos.
En los primeros años del siglo XXI hubo varios intentos por recuperar la histórica sección mediante acuerdos con el Club Balonmano Ciudad Real que sin embargo no llegaron a materializarse. Sin perder nuca de vista la formación del balonmano tricantino, la sección contará además con un equipo puntero en 1ª División Nacional masculina, tercera categoría en el balonmano nacional; un equipo que además de querer ser un espejo para el balonmano tricantino, buscará situar a Tres Cantos dentro del panorama deportivo español. En la temporada 2012-2013, el UD Tres Cantos A disputa la 2ª División Nacional femenina, después de haber conseguido el ascenso la campaña anterior. En la temporada 2011/2012 el club pasa a tener 29 equipos, siendo el club con mayor número de equipos de Tres Cantos. También se cambia la denominación del club, que pasa a llamarse “Unión Deportiva Tres Cantos Islas”, su escudo y su indumentaria pasa del verde y blanco al rojo de la primera equipación y amarillo en la segunda.
En esta temporada pasa a denominarse Unión Deportiva Tres Cantos. El UD Tres Cantos femenino comienza su andadura en 2010 contando la mayoría de las jugadoras del Pegaso, que a causa de la desaparición de su club se ven obligadas a descender de categoría. Muchas de sus jugadoras ya han disputado partidos con la Selección Madrileña, siendo pieza clave del combinado. Como parte de su labor de fomentar y difundir el fútbol, los equipos del club tanto masculinos como femeninos ya han disputado partidos con equipos de otros países como Australia, Canadá e Irlanda. No obstante, en el filial madridista tampoco tuvo suerte, y acabó jugando apenas cinco partidos antes de marcharse tras temporada y media. Para la temporada 2011-2012, en la que el equipo se alzó con el título de campeón del Grupo VIII de Tercera División y disputó la fase de ascenso a 2.ªB (aunque finalmente no se consumó dicho ascenso), el entrenador es Javier Torres Gómez, que también continua al frente del equipo filial blanquivioleta durante la temporada 2012/2013. Para la temporada 2013/2014, el puesto de entrenador vuelve a ser ocupado por Torres Gómez, temporada en la cual el equipo quedó primer clasificado jugando contra el Somozas el ascenso a Segunda División B y lográndolo el 25 de mayo de 2014 tras lograr la victoria en la ida por 3-1 y perder 2-1 en el partido de vuelta.
Para el Apertura 2014 el nuevo técnico celeste es Facundo Sava, llegan jugadores como Luis Valenzuela luego de su paso por Deportes Antofagasta, Hans Martínez que venía sin regularidad de Almería, el uruguayo Octavio Rivero, quién venía a reemplazar al goleador Pablo Calandria que no fue inscrito en el torneo por una lesión de meniscos, y los trasandinos Jorge Carranza, Damián Lizio y Fernando Elizari en aquel campeonato comienza con un triunfo por 2-1 a Unión La Calera, luego en la fecha siguiente pierde contra la Universidad de Chile en Rancagua. ↑ Martínez Calatrava, Vicente (Abril de 2010). «Una final de Copa de ida y vuelta». Además del senior A, se crea en 2010 un segundo senior y un equipo sub-13, poniendo los cimientos para la sección femenina del club. Este equipo ha conseguido en tan solo dos temporadas volver a 2ª División Nacional, cosechando ambos ascensos de manera consecutiva, el primero de ellos quedando primeras de la competición sin ceder un punto y el segundo de ello a tres jornadas de la finalización del campeonato. River Plate: jugó 66 temporadas en Primera División, y actualmente volverá a competir en esa categoría, convirtiéndose así en el segundo equipo en lograr ascender desde la Cuarta División a la Primera División.