Por Rosario En la temporada 1998/99, con el veterano Joaquín Peiró al frente del banquillo malaguista, el equipo afronta un campeonato plagado de buenos resultados y a falta de cuatro jornadas se logra certificar el ascenso a la élite del fútbol español en un partido contra el Albacete Balompié, consiguiendo además el título de la categoría. En 1960 la Federación Boliviana de Fútbol, tras el XXV Congreso del fútbol boliviano, creó el Torneo Mayor de la República luego llamado Copa Simón Bolívar como la máxima competición a nivel de clubes de Bolivia. Se iniciaba por lo tanto una nueva e importante etapa en la máxima categoría, en la que el club batió el récord de permanencia en la misma, con siete temporadas consecutivas en la máxima categoría del fútbol nacional. En la temporada 2012/13 de LaLiga el Málaga había obtenido el pase para disputar la Liga Europa de la UEFA al clasificarse sexto en el Campeonato Nacional de Liga, pero el 11 de junio de 2013, el Tribunal de Arbitraje Deportivo Internacional rechazó la apelación del club de Martirícos, confirmando la sanción impuesta por la UEFA, una decisión que suponía un laudo sin precedentes en el ámbito jurídico-deportivo del mundo del fútbol, por lo que el Málaga no podría disputar la competición europea a la que legítimamente se había clasificado.
Tras una angustiosa temporada (2009/10), el equipo consiguió la permanencia en la última jornada de liga, el 16 de mayo de 2010, después de empatar (1-1) frente al Real Madrid en La Rosaleda. En la temporada 2008/09, fue elogiado el trabajo y el juego del equipo; siendo un recién ascendido y teniendo uno de los presupuestos económicos más bajos de la Liga, el Málaga CF luchó hasta las últimas jornadas por clasificarse para puestos europeos. Aquella noche el Málaga saboreó la clasificación a semifinales desde el minuto veinticuatro de la primera parte hasta el minuto noventa y tres de partido, cuando el árbitro británico escocés Craig Thomson concediese un gol en fuera de juego al equipo germano. La Asociación consagró como campeones a ambos equipos, pero los obligó a disputar un cotejo para determinar quién se llevaba las medallas conmemorativas, ya que había un solo juego. Mejor dirigente deportivo de Cataluña (1999) por la Asociación Catalana de Dirigentes del Deporte. Al año siguiente el proyecto del Málaga CF fracasa y el equipo desciende a Segunda División como último clasificado, con sólo 24 puntos y cinco victorias en la Liga. La directiva del club aprovechando el buen momento de la cantera malaguista y al mismo tiempo pretendiendo disminuir la masa salarial, prescinde de varios titulares de los últimos años como Contreras, Roteta, Musampa, Sandro, Dely Valdés y Darío Silva entre otros, siendo sustituidos por jugadores de la cantera como Calatayud, Juanito, Juan Rodríguez, camisetas futbol baratas 2024 Koke y Geijo que llevaron a cabo el necesario relevo generacional.
En su lugar, llegó el delantero panameño del Real Oviedo, Julio César Dely Valdés, que formó una dupla letal conocida como la Doble D junto con el uruguayo Darío Silva. Gracias en parte a los dieciséis goles del panameño y los trece del uruguayo, los registros de esta temporada fueron aún mejores que en la anterior y el club peleó por entrar en los puestos de acceso a las competiciones europeas, finalizando en una digna octava posición. Gregorio Manzano fue destituido como entrenador en la jornada 18, con el club en puestos de descenso. Joaquín Peiró seguiría en el banquillo, pero la nueva directiva, a pesar de las muestras de descontento de la afición, daría salida a jugadores básicos en la plantilla como Rufete, De los Santos, Movilla o Agostinho, siendo sustituidos por otros nuevos jugadores como Duda, Gerardo, Marcelo Romero, Litos o Miguel Ángel. Es entonces cuando llegarían al club jugadores como Sandro, Movilla o Pablo Guede, y se produce al regreso de exjugadores como Quino o Merino.
El conjunto español estuvo encuadrado en el grupo 5 junto a Inglaterra (la única rival como después se demostró con la que tendría que jugarse el pase), Austria, Turquía y Malta. Ese día los once que defendieron de inicio la albiceleste fueron: Caballero; Gámez, Demichelis, Weligton, Monreal; Camacho; Portillo, Isco, Eliseu; Joaquín y Saviola. El uniforme del club fue definido por Juan Quiñones el propio 19 de abril de 1925, día de la fundación de la institución. Cuándo Juan Sábas Nicolini traspasó todos los bienes para la continuidad de Almirante Brown su único deseo como fundador fue conservar las redes de los arcos meramente por un valor afectivo dado que se utilizaron en el primer torneo oficial de la institución en AFA en 1916, fueron tejidas con esfuerzo por su hermano Domingo Nicolini y quería que se preservaran como testimonio para las futuras generaciones. La posterior participación en la Copa de la UEFA fue notable, alcanzando los cuartos de final y eliminando a equipos con larga tradición en competiciones europeas como el Leeds United o el AEK Atenas tras vencer en sus propios estadios con resultados de un gol a dos y cero goles a uno respectivamente. En 1978 firmó un contrato profesional por uno de los equipos más importantes de São Paulo, el Sport Club Corinthians.