Por Rosario ¿Qué materiales suelen utilizarse en las camisetas NBA baratas? El club se coronó campeón de la liga el 17 de julio a las 21 horas y 30 minutos, ganándole a Independiente Santa Fe 2-0 en el Estadio Nemesio Camacho El Campín, luego de haber empatado sin goles en el Estadio Atanasio Girardot, levantando su título número 12. Su arquero fue Franco Armani, luego de atajar varios tiros en el partido de ida en Medellín. En el torneo apertura el club logró el puesto 2 al final de la fase de todos contra todos, a pesar de haber jugado en la mayoría de partidos con nóminas alternas, ya que el primer equipo disputaba la Copa Libertadores. En el Torneo Apertura el club realizó una campaña muy irregular, logró clasificar a cuartos de final, pero fue eliminado por el Deportivo Cali al perder 4-3 en el global. Para el Torneo Apertura 2011, el equipo logró clasificarse entre los 8 mejores del campeonato, incluyendo victorias sobre sus más encopetados rivales como América de Cali, Millonarios F. C., Deportivo Cali y en dos ocasiones a Independiente Medellín. El equipo disputó la Copa Libertadores 2012 en el grupo 8, terminando en la segunda posición con 11 puntos detrás de la Universidad de Chile, en Octavos de final fue eliminado por Vélez Sarsfield en el global 2-1. En el Torneo apertura Nacional fue eliminado tempranamente lo cual provocó el despido de profesor Santiago Escobar.
La Superliga de Colombia 2012 fue la primera edición del torneo oficial de fútbol colombiano, que enfrentó el cuadro antioqueño como campeón del Torneo apertura 2011, y el campeón del Torneo finalización 2011, Junior de Barranquilla, el equipo Verdolaga en el primer juego logró ganar como visitante 3-1 con 2 goles de Jefferson Duque y un autogol de Andrés Felipe González. Para iniciar la temporada 2012 el equipo realizó varias modificaciones en la nómina, cambios solicitados por el profesor Santiago Escobar, se contrataron al delantero Johan Fano, el defensor central Óscar Murillo, el volante de marca Jhon Valoy, el lateral Elkin Calle, Farid Díaz, Alexis Henríquez, Alexander Mejía, Jherson Córdoba, Wilder Guisao, Alejandro Bernal, el joven volante creativo Juan Fernando Quintero, Luis Fernando Mosquera, Juan David Valencia, Cristian Tula y el volante creativo Macnelly Torres que volvía al equipo luego de seis meses. En la ciudad de Pasto el marcador fue 0-0, definiendo el título en el Estadio Atanasio Girardot 2-0 a favor del verde con goles de Juan David Valencia y Fernando Uribe. Los directivos del equipo lograron la contratación del profesor Juan Carlos Osorio, el cual realizó pocos cambios a la nómina, los más importantes fue la rescisión del contrato con Cristian Tula y Johan Fano, la no renovación a Jairo Patiño y la venta de Dorlan Pabón y Juan Fernando Quintero, el traspaso del delantero John Pajoy, el delantero Jefferson Duque, el préstamo por un año de Cristhian Bonilla, el fichaje de Francisco Nájera y del delantero Fernando Uribe.
En los cuadrangulares hizo un papel desastroso y terminó último de su grupo con apenas 5 puntos, faltando dos fechas para el final de los cuadrangulares, Nacional estaba eliminado y sin ninguna opción para clasificarse a los torneos internacionales, por esto y por la eliminación en la Copa Colombia en cuartos de final, José Fernando Santa fue destituido de su cargo, además de no tener continuidad con la nómina ni con la inclusión de los jóvenes en el equipo profesional. El 15 de diciembre se jugó el partido de vuelta en el Estadio Atanasio Girardot, terminando 2-0 a favor de Atlético Nacional con un gol en contra de Néstor Camacho y el segundo gol de Jefferson Duque, logrando su segundo Bicampeonato en torneos cortos en su historia. La segunda fecha, en el estadio Atanasio Girardot, contra Sporting Cristal, terminó en goleada a favor 3-0 con goles de Davinson Sánchez, Jonathan Copete y Marlos Moreno, la tercera fecha fue contra C. A. Peñarol, de nuevo de local, el partido terminó a favor 2-0 con goles de Daniel Bocanegra y Marlos Moreno, cerrando así la primera vuelta de la fase de grupos.
En el inicio de la temporada 2016 Atlético Nacional se coronó por segunda vez campeón de la Superliga de Colombia, su rival fue el Deportivo Cali, ganador del torneo apertura 2015. El partido de ida se jugó el 23 de enero de 2016 en el Estadio «Palmaseca», Nacional como visitante derrotó al local 2-0 con un doblete de Jonathan Copete. El inicio del 2015 no fue el más esperado, Atlético Nacional volvió a perder la final de la Superliga, esta vez contra Independiente Santa Fe. En el torneo que reúne a los equipos de A y la B, Atlético Nacional logró su primer título en esta competición de la mano del profesor Juan Carlos Osorio, el cuadro paisa avanzó primero en el grupo con un total de 19 puntos, se enfrentó en octavos de final con Independiente Santa Fe con un global de 5-2 a favor, en cuartos de final avanzó con un global de 4-2 frente a Deportes Tolima, en semifinal derrotó a Boyacá Chicó con global de 2-0, de esta manera pasó a disputar la final frente al Deportivo Pasto. En la Copa Colombia, luego de clasificar primero de su grupo, eliminando a equipos como Medellín y Once Caldas, clasificó a octavos de final donde eliminó al Boyacá Chicó, pero fue eliminado en los cuartos de final por el Itagüí Ditaires.